棚卸の際、現場スタッフが確認しなかった場合と、確認したけれど在庫がなかった場合の違いは、区別できますか？

区別は可能です。
ハンディターミナルやスマートフォンの棚卸入力画面で、明示的に数量を「0」と入力すれば、PCの棚卸画面の「モバイル棚卸数」欄に「0」が表示されます。

区別したい場合、在庫がないことを確認した際は、ハンディターミナルやスマートフォンの棚卸入力で数量に「0」を入力してください。
PCの棚卸画面では、「モバイル棚卸数」欄が「空（なし）」または「0」で区別できます。